Юсупов А.А. проходил специализацию в МНТК микрохирургии глаза,  в НИИ  Глазных болезней, на кафедрах офтальмологии Московских медицинских институтов и университета им. Гельмгольца.        

Им опубликованы в печать более 70 научных работ, в том числе одно учебное пособие "Неотложное помощь в Офтальмологии", предназначенное для студентов 6-7 курсов леч. и пед. факукльтетов и врачей ВОП. А.А. Юсупов — активный участник специальных научных конференций, съездов и офтальмологических конгрессов. 20 работ А.А. Юсупова опубликованы в материалах международных конференций, конгрессов и симпозиумах. Под его руководством выполнена и защищена десятки кандидатских диссертаций.  За период заведования кафедрой А.А. Юсуповым в лечебную практику клиники внедрены новые методы диагностики, консервативного и хирургического лечения глазных болезней. Значительно активизировалась хирургическая деятельность клиники, заметно сократились сроки пребывания больных в стационаре и улучшились исходы лечения.
    
Научное направления: миопия, косоглазие, хирургия хрусталика,  современные методы диагностики, консервативное и хирургическое лечение глазных болезней.